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2024年11月12日， 北医三院基础医学盘问中心毛凤彪盘问员、生殖医学中心赵晓璐副盘问员团队与北京大学基础医学院李开龙盘问员和洽在Nucleic Acids Research（《核酸盘问》IF:16.6）杂志上在线发表题为《CRISPRepi: CRISPR表不雅基因组剪辑的多组学图谱》（CRISPRepi: a multi-omic atlas for CRISPR-based epigenome editing）的盘问论文。
盘问团队整合了来自多种表不雅基因组剪辑系统的组学数据，包括RNA-seq、ChIP-seq、Bisulfite-seq以及ATAC-seq等数据，构建了一个涵盖东说念主类和小鼠等6个物种的多组学数据库——CRISPRepi。
该数据库聚焦于表不雅基因组剪辑多组学数据的收录和整合，旨在匡助盘问东说念主员搜索和选拔最好的剪辑联想，为评估基于CRISPR的表不雅基因组剪辑系统的剪辑效用和脱靶效应提供了一个概括的资源平台。
表不雅遗传在基因抒发调控中上演着至关繁重的变装，基于CRISPR的表不雅基因组剪辑时代（epigenome editing）可将CRISPR系统的靶向智力与表不雅遗传信息的重塑相勾搭，为盘问东说念主员提供了探索基因抒发调控机制的新路线，因此在基因功能盘问界限备受关爱。
选拔高效的剪辑系统是表不雅剪辑的环节，然而，跟着多样剪辑系统在不同物种和细胞类型中的愚弄日益平时，联悉数据散布，科研东说念主员难以得到全面信息以评估不同剪辑系统的准确性。除此以外，怎么联想最好的sgRNA 用于功能盘问也特地具有挑战性。
CRISPRepi采集整合了6个物种的多种组学数据，包括东说念主类、小鼠、拟南芥、黑腹果蝇、褐家鼠和大肠杆菌，觉得671个全心整理的RNA-seq、ChIP-seq、Bisulfite-seq、CUT&Tag和ATAC-seq数据集，波及87种细胞类型，283个靶基因，74种表不雅基因组剪辑系统，5种Cas卵白和35种效应卵白，以及5962条sgRNA。
CRISPRepi概览
CRISPRepi整合了用于分析剪辑终局和评估脱靶效应的器用，大约分析剪辑前后的基因抒发变化，以及相应表不雅遗传图谱的编削。此外，CRISPRepi相沿盘问者在细胞/组织特异性布景下盘问新联想的sgRNA序列的剪辑后劲。
CRISPRepi为盘问东说念主员提供了表不雅剪辑前后转录组测序的数据分析终局，包括基因抒发定量、各异抒发基因分析、各异抒发基因的GO、KEGG富集分析终局以及GSEA分析，并通过可视化的图表进行了展示。
此外，平台还提供了表不雅剪辑前后样本的表不雅遗传修饰的组学数据如甲基化测序、染色质免疫共千里淀测序和染色质可及性测序数据的分析终局，主要包括各异区域浮滑和脱靶评估。各异区域和表不雅遗传图谱通过JBrowse进行可视化展示，方便用户班师搜检剪辑效用。用户在主页不错通过靶基因、剪辑系统、数据集编号进行快速搜索，还不错通过狂放疏浚细胞类型和疏浚靶基因等相比不同剪辑系统的剪辑效应，从而匡助选拔合乎我方的剪辑系统和sgRNA。
CRISPRepi数据库的建筑旨在科罚表不雅基因组剪辑数据散布的问题，为科研东说念主员提供一个繁密而方便的器用，有助于潜入了解不同剪辑系统的效果，优化sgRNA联想，评估脱靶效应，鼓励表不雅基因组剪辑时代在基因功能盘问和疾病诊治等界限的愚弄。
明天，盘问团队盘算进一步扩大数据集消除范围并整合先进的分析器用，同期探索与其他生物信息算法的集成，以贬抑升迁数据库的功能和实用性。
点击下方纠合
http://crisprepi.maolab.org/ 或
http://crisprepi.lilab-pkuhsc.org/
免费访谒CRISPRepi数据库
北京大学基础医学院李开龙盘问员、北医三院基础医学盘问中心毛凤彪盘问员和北医三院生殖医学中心赵晓璐副盘问员为该论文的共同通信作家。北京大学第三病院博士后史雷胜、中山大学附庸第三病院李莎莎副盘问员、北京大学基础医学院2020级八年制本科生朱荣祎、中山大学附庸第三病院鲁晨阳副盘问员为论文的并排第一作家。此技俩由国度当然科学基金、国度要点研发盘算、北京市科技新星盘算、北京市当然科学基金、北京大学临床医学+X后生专项、北京大学第三病院临床要点技俩（东说念主才引进）及国度资助博士后盘问东说念主员盘算等资助。
北医三院毛凤彪/赵晓璐团队遥远奋发于肿瘤发生和细胞发育的表不雅调控机制盘问，近五年，在Nucleic Acids Research、Signal Transduction and Targeted Therapy、Genes & Development、Cell Reports、Briefings in Bioinformatics等国表里盛名期刊发表联系SCI论文20余篇。
共同第一作家
史雷胜
北京大学第三病院
基础医学盘问中心
助理盘问员
共同通信作家
赵晓璐
北京大学第三病院
生殖医学科
副盘问员、博士生导师
主要盘问标的：
妇科肿瘤发生和胚胎发育的表不雅遗传调控机制
毛凤彪
北京大学第三病院
基础医学盘问中心
盘问员、博士生导师
主要盘问标的：
肿瘤发生发展和细胞发育的遗传学及表不雅遗传机制
联系纠合
北京大学基础医学院
李开龙副盘问员、助理教悔、博士生导师
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文 | 基础医学盘问中心 毛凤彪
审核 | 科研处
剪辑 | 宣传中心 张轩烨
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李开龙表不雅赵晓璐seq毛凤彪发布于：北京市声明：该文不雅点仅代表作家本东说念主，搜狐号系信息发布平台，搜狐仅提供信息存储空间做事。